Il y a 4 ans, l'Akatsuki a atteint ce qu'elle voulait : récupérer les chakras des démons à queues, et ressusciter Juubi. Mais leur plan a été contré par l'alliance Shinobi, qui, de par leur union, ont montré que leur force était plus grande, lors de la 4e Grande Guerre Shinobi.
Mais aujourd'hui, le monde a changé. Les alliances ont disparu avec la nomination des nouveaux Kages, et la paix reste fragile. D'autant plus qu'un nouveau groupe de ninjas serait apparu. Invité, c'est à toi d'être acteur dans ce monde. Parviendras-tu à préserver cette paix ?